Makmal Pengekstrakan PKBS adalah pusat perhentian pertama untuk sampel-sampel kering tumbuhan yang dibawa balik dari pemungutan dan dari komuniti-komuniti tempatan. Kesemua sampel tumbuhan akan diproses di kawasan Penyediaan Tumbuhan. Proses tersebut termasuklah mecuci sampel-sampel tumbuhan, pemotongan, pengeringan dan pengisaran. Sampel-sampel tumbuhan yang telah dikisar akan dihantar ke Makmal Pengekstrakan.
Pangkalan Data Produk Semulajadi atau lebih dikenali sebagai NATPRO (Natural Product Database) terletak di dalam makmal ini. Kesemua maklumat, termasuklah Pengetahuan Tradisional untuk sampel-sampel tumbuhan tersebut juga disimpan di sini. Cuma individu yang telah diberi kuasa atau dibenarkan sahaja boleh mengendalikan NATPRO. Kesemua ekstrak-ekstrak tumbuhan akan disimpan di dalam botol ambar yang dibarkodkan dan disimpan dalam tiga replikasi untuk setiap sampel tumbuhan.
Makmal Pengekstrakan menjalankan beberapa jenis pengelstrakan seperti pengekstrakan rutin, pengekstrakan pukal, dan pengekstrakan minyak pati. Protokol untuk pengekstrakan rutin adalah berpandukan kepada protokol Institut Kanser Kebangsaan atau lebih dikenali sebagai NCI (National Cancer Institute). Metodologi pengekstrakan ini boleh dilihat melalui carta aliran seperti di bawah:
